در مدت امامت, حضرت علی النقی (ع ) برای نشر احکام اسلام و آموزش و پرورش و شناساندن مکتب و مذهب جعفری و تربیت شاگردان و اصحاب گرانقدر گامهای بلند برداشت . نه تنها تعلیم و تعلم و نگاهبانی فرهنگ اسلامی را امام دهم (ع ) در مدینه عهده دار بود ، و لحظه ای از آگاهانیدن مردم و آشنا کردن آنها به حقایق مذهبی نمی آسود ، بلکه در امر به معروف و نهی از منکر و مبارزه پنهان و آشکار با خلیفه ستمگر وقت - یعنی متوکل عباسی - آنی آسایش نداشت .
به همین جهت بود که عبدالله بن عمر والی مدینه بنا بر دشمنی دیرینه و بدخواهی درونی ، به متوکل خلیفه زمان خود نامه ای خصومت آمیز نوشت ، و به آن امام بزرگوار تهمتها زد ، و نسبتهای ناروا داد و آن حضرت را مرکز فتنه انگیزی و حتی ستمکاری وانمود کرد و در حقیقت آنچه در شأن خودش و خلیفه زمانش بود به آن امام معصوم (ع ) منسوب نمود ، و این همه به جهت آن بود که جاذبه امامت و ولایت و علم و فضیلتش مردم را از اطراف جهان اسلام به مدینه می کشانید و این کوته نظران دون همت که طالب ریاست ظاهری و حکومت مادی دنیای فریبنده بودند ، نمی توانستند فروغ معنویت امام را ببینند .
و نیز " مورخان و محدثان نوشته اند که امام جماعت حرمین ( = مکه و مدینه ) از سوی دستگاه خلافت ، به متوکل عباسی نوشت : اگر تو را به مکه و مدینه حاجتی است ، علی بن محمد ( هادی ) را از این دیار بیرون بر ، که بیشتر این ناحیه را مطیع و منقاد خود گردانیده است " . این نامه و نامه حاکم مدینه نشان دهنده نفوذ معنوی امام هادی (ع ) در سنگر مبارزه علیه دستگاه جبار عباسی است .